שלל רכיבי הבלימה האלקטרוניים בפריוס משולבים במערכת הבטיחות הפעילה ברכב, במקרה חירום, נשלטים על ידי המערכת, יחד עם יתר המרכיבים. מערכת ה ABS עוזרת לשמור על שליטה בבלימות פתע או על משטחים חלקלקים, המערכת האלקטרונית לפיזור כוח הבלימה EBD משלימה את פעולת ה-ABS ומפעילה את כוח הבלימה בצורה אופטימלית.
מערכת בקרת יציבות הרכב (VSC+) פועלת עם מערכת הגה הכוח ומספקת מומנט היגוי מתאים המאפשר לנהג להזיז את ההגה מהר יותר. דבר זה משפר את זמן התגובה ומפחית את סכנת ההתחלקות. מערכת בקרת האחיזה האלקטרונית (E-TRC) מפחיתה את כוח המנוע כאשר היא חשה בהחלקת אחד הגלגלים.
המנגנונים המתקדמים להגנה על הנוסעים משולבים בעיצוב הפריוס. אזורי קיפול קדמיים ו-8 כריות אוויר (כריות אוויר קדמיות SRS, צדדיות וכריות ווילון) מבטיחים לנוסעים הגנה מפני פגיעה. חגורות הבטיחות המתכווננות מקדימה, עם מנגנון קדם מתיחה מוגבל כוח, עוזרים להפחית את הסכנה לפגיעות במקרה של תאונה.